Управление Центром осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Непосредственное управление Центром осуществляет прошедший соответствующую аттестацию директор. Комплектование штатов осуществляет директор на основании штатного расписания.
Формами самоуправления Центра являются: управляющий Совет, общее собрание трудового коллектива, педагогический совет.